ISHIBASHI Kota
Organization
School of Biological and Environmental Sciences Assistant Professor
Laboratory Address
1 Gakuen-uegahara, Sanda, Hyogo, Japan
Research Fields, Keywords
翻訳, RNA, リボソーム, gene expression, Photosynthesis, plant organelles
Teaching and Research Fields
生物の体を構成し、生命活動に必要な機能を担うタンパク質は、「翻訳」というプロセスによって合成されます。翻訳には、タンパク質を合成する装置のリボソームをはじめ、遺伝情報が記されたmRNA、タンパク質の素材となるアミノ酸を運ぶtRNA、翻訳の開始や終結を制御する因子など、非常に多くのRNAやタンパク質が関わっています。細胞の中では、この複雑な反応が絶えず大量に進行していますが、時として様々なトラブルが発生します。
私は、「いつ・どのような状況で・どんな理由で翻訳のトラブルが起きるのか」、また「生物がそれにどのように対処しているのか」というメカニズムに興味を持ち、研究を進めています。以前はゼブラフィッシュという小型魚類を研究の材料に用いていましたが、動物と植物で全く同じことが起きているのか、あるいは植物では異なるトラブルや対処のメカニズムが存在するのか、という新たな疑問が生じ、現在は植物を研究材料にしています。
さらに、近年提唱されている「Ribosome heterogeneity（リボソームの不均一性）」にも注目しています。この概念は、細胞あたり百万個ほど存在するリボソームは全く同じ顔をした均一の分子ではなく、一つひとつのリボソームが違う構成をしていて、個々が異なる翻訳の特異性（得意・不得意や好き・嫌い）を持つというものです。植物はリボソームを構成する遺伝子の多様性が高いため、Ribosome heterogeneityの研究に適していると考えて、このテーマにも取り組んでいます。
私は、「いつ・どのような状況で・どんな理由で翻訳のトラブルが起きるのか」、また「生物がそれにどのように対処しているのか」というメカニズムに興味を持ち、研究を進めています。以前はゼブラフィッシュという小型魚類を研究の材料に用いていましたが、動物と植物で全く同じことが起きているのか、あるいは植物では異なるトラブルや対処のメカニズムが存在するのか、という新たな疑問が生じ、現在は植物を研究材料にしています。
さらに、近年提唱されている「Ribosome heterogeneity（リボソームの不均一性）」にも注目しています。この概念は、細胞あたり百万個ほど存在するリボソームは全く同じ顔をした均一の分子ではなく、一つひとつのリボソームが違う構成をしていて、個々が異なる翻訳の特異性（得意・不得意や好き・嫌い）を持つというものです。植物はリボソームを構成する遺伝子の多様性が高いため、Ribosome heterogeneityの研究に適していると考えて、このテーマにも取り組んでいます。
Mail Address
kota.ishibashi@kwansei.ac.jp
Laboratory Phone number
+81-79-565-7351
Syllabus information URL
SDGs Related Goals
External link
Graduating School 【 display / non-display 】
-
Graduating School:Rikkyo University
Faculty:College of Science
Course / Major:Department of Life Science
Kind of school:University
Date of graduation:2013.03
Completion status:Graduated
Country location code:Japan
Graduate School 【 display / non-display 】
-
Graduate school:Kyoto University
Department:Graduate School of Science
Course:Division of Biological Sciences
Course completed:Doctor's Course
Date of completion:2020.03
Completion status:Completed
Country:Japan -
Graduate school:Kyoto University
Department:Graduate School of Science
Course:Division of Biological Sciences
Course completed:Master's Course
Date of completion:2015.03
Completion status:Completed
Country:Japan
Degree 【 display / non-display 】
-
Degree name:博士（理学）
Classified degree field:Life Science / Plant molecular biology and physiology
Conferring institution:Kyoto University
Acquisition way:Coursework
Date of acquisition:2020.03 -
Degree name:修士（理学）
Classified degree field:Life Science / Plant molecular biology and physiology
Conferring institution:Kyoto University
Acquisition way:Coursework
Date of acquisition:2015.03
Career 【 display / non-display 】
-
Affiliation:Kwansei Gakuin University
Department:School of Biological and Environmental Sciences, Department of Biosciences
Title:Assistant Professor
Date:2025.04 -
-
Affiliation:Kyoto Sangyo University
Department:Faculty of Life Sciences
Title:Postdoctoral Fellow
Date:2021.02 - 2025.03
-
Affiliation:Kyoto University
Department:Graduate School of Science
Title:Researcher
Date:2020.04 - 2021.01
Association Memberships 【 display / non-display 】
-
Academic society name:日本分子生物学会
Academic country located:Japan -
Academic society name:日本RNA学会
Academic country located:Japan -
Academic society name:日本植物生理学会
Academic country located:Japan
Research Areas 【 display / non-display 】
-
Research field:Life Science / Genetics
-
Research field:Life Science / Evolutionary biology
-
Research field:Life Science / Functional biochemistry
-
Research field:Life Science / Plant molecular biology and physiology
-
Research field:Life Science / Molecular biology
Papers 【 display / non-display 】
-
Language: English
Title: Translation of zinc finger domains induces ribosome collision and Znf598-dependent mRNA decay in zebrafish
Journal name: PLOS Biology vol.22 (12) (p.e3002887)
Date of publication: 2024.12
Author(s): Kota Ishibashi, Yuichi Shichino, Peixun Han, Kimi Wakabayashi, Mari Mito, Toshifumi Inada, Seisuke Kimura, Shintaro Iwasaki, Yuichiro MishimaDOI: 10.1371/journal.pbio.3002887
Type of publication: Research paper (scientific journal)
-
Language: English
Title: Critical role of cyclic electron transport around photosystem I in the maintenance of photosystem I activity.
Journal name: The Plant Journal vol.118 (6) (p.2141 - 2153)
Date of publication: 2024.04
Author(s): Ryouhei Kobayashi, Hiroshi Yamamoto, Kota Ishibashi, Toshiharu ShikanaiDOI: 10.1111/tpj.16735
Type of publication: Research paper (scientific journal)
-
Language: English
Title: Glycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth.
Journal name: Cell vol.186 (25) (p.5517 - 5535)
Date of publication: 2023.11
Author(s): Xuewei Zhao, Ding Ma, Kensuke Ishiguro, Hironori Saito, Shinichiro Akichika, Ikuya Matsuzawa, Mari Mito, Toru Irie, Kota Ishibashi, Kimi Wakabayashi, Yuriko Sakaguchi, Takeshi Yokoyama, Yuichiro Mishima, Mikako Shirouzu, Shintaro Iwasaki, Takeo Suzuki, Tsutomu SuzukiDOI: 10.1016/j.cell.2023.10.026
Type of publication: Research paper (scientific journal)
-
Language: English
Title: Ribosome slowdown triggers codon‐mediated mRNA decay independently of ribosome quality control
Journal name: The EMBO Journal vol.41 (5) (p.e109256 - )
Date of publication: 2022.01
Author(s): Yuichiro Mishima, Peixun Han, Kota Ishibashi, Seisuke Kimura, Shintaro IwasakiDOI: 10.15252/embj.2021109256
Type of publication: Research paper (scientific journal)
-
Language: English
Title: Evolutionary Model of Plastidial RNA Editing in Angiosperms Presumed from Genome-Wide Analysis of Amborella trichopoda.
Journal name: PLANT AND CELL PHYSIOLOGY vol.60 (10) (p.2141 - 2151)
Date of publication: 2019.10
Author(s): Kota Ishibashi, Ian Small, Toshiharu ShikanaiDOI: 10.1093/pcp/pcz111
Type of publication: Research paper (scientific journal)